广西地区猪圆环病毒2型全基因组扩增测序及遗传进化分析

作     者：李斌 卢冰霞 张胜斌 秦毅斌 赵硕 赵武 陈忠伟 段群棚 全琛宇 许心婷 韦明宇 何颖 

作者机构：广西农垦永新畜牧集团 广西农垦永新畜牧集团西江公司 广西兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室农业农村部中国(广西)-东盟跨境动物疫病防控重点实验室 

出 版 物：《中国动物传染病学报》 (Chinese Journal of Animal Infectious Diseases)

年 卷 期：2024年

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家现代农业产业技术体系广西创新团队建设专项资金资助(nycytxgxcxtd-2023-15-02) 南宁市科技项目(20232039,20222043) 玉林市科技项目(玉市科20220515) 广西科技项目(桂科专项19-2、22-3、22-4) 广西开放基金(22-035-32-B-02,22-035-32-B-01) 广西农业科技自筹经费项目(Z202225,Z202223) 

主　　题：广西 猪圆环病毒2型 全基因组 测序 遗传进化 分析 

摘      要：猪圆环病毒2型(PCV2)对养猪业的健康发展造成严重危害。为有效防制PCV2病，探究广西PCV2流行毒株的分子变异、遗传进化情况，我们通过扩增、克隆测序获得25株广西地区PCV2全基因组序列，并从GenBank网站下载广西地区178株PCV2基因序列，57株已知基因分型的PCV2基因参考序列和2株PCV1基因参考序列。对203株广西PCV2应用DNASTAR Lasergene软件进行全基因组、ORF1基因、ORF2基因的同源性分析，结果表明广西PCV2全基因组、ORF1基因、ORF2基因同源性分别为92.9%～100%、95%～100%、87.4%～100%；应用DNASP软件进行ORF1基因、ORF2基因的选择压力分析，结果表明广西PCV2 Rep基因、Cap基因的ω值均1，均受到净化选择作用。对203株广西PCV2、57株PCV2参考毒株和2株PCV1参考毒株的ORF2基因应用RDP软件、SimPlot软件进行基因重组分析，结果检测到有8株广西PCV2为基因重组毒株。应用IQ-TREE软件对246株PCV ORF2基因序列绘制最大似然系统进化树，分析结果可知广西PCV2基因型为PCV2a、PCV2b、PCV2d型，其中PCV2d为目前的优势基因型。应用BEAST软件对195株广西PCV2 ORF2基因序列进行分化时间、遗传进化速率分析，结果可知广西PCV2 ORF2基因最近共同祖先分化时间为1975年，ORF2基因进化速率为2.4182×10-3替代/位点/年。分析结果有助于我们深入了解广西PCV2的遗传特征、进化历程，为PCV2的分子生物学研究和防控研究提供参考。