基于HRM技术的草鱼抗小瓜虫nlrc3基因SNP标记开发及关联分析

作     者：陈锋 黄梦璐 李家乐 沈玉帮 CHEN Feng;HUANG Menglu;LI Jiale;SHEN Yubang

作者机构：上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心上海201306 上海海洋大学水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心上海201306 

出 版 物：《上海海洋大学学报》 (Journal of Shanghai Ocean University)

年 卷 期：2024年第33卷第1期

页      面：1-8页

核心收录：

学科分类：090801[农学-水产养殖] 0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系(CARS-45-03)。 

主　　题：草鱼 多子小瓜虫 高分辨率熔解 单核苷酸多态性 

摘      要：为探究草鱼nlrc3基因的多态性和抗多子小瓜虫(Ichthyophthirius multifiliis)病之间的关联性,通过多子小瓜虫感染草鱼(Ctenopharyngodon idella)筛选出易感群体和抗病群体,并分析比较两个群体nlrc3基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,使用高分辨率熔解(High resolution melt,HRM)和Sanger测序技术验证SNP位点基因型,并将获得的SNP位点与草鱼抗病性状进行关联性分析。结果显示,从草鱼nlrc3基因中筛选得到了4个SNPs位点,有3个SNPs位点(SNP1、SNP3和SNP4)成功分型,其中SNP1和SNP3中分别含有AA、AG和AA、GG两种基因型,且与抗多子小瓜虫性状显著相关;倍型组合及其与抗病能力相关性分析显示,与其他二倍型相比,由SNP1的AG和SNP3的AA基因型组成的二倍型(D1)中100%为抗病个体,由SNP1的AG与SNP3的GG基因型组成的二倍型(D2)中95%为抗病个体,均为抗病优势基因型。研究表明,抗小瓜虫的草鱼全体中存在nlrc3基因多态性现象,并且不同分型与抗多子小瓜虫感染的能力显著相关,其中SNP1 AG与SNP3 AA组合的D1基因型为最强基因型。该研究结果为进一步开展草鱼抗小瓜虫病的育种和预防提供了重要的理论依据和技术支持。