FitDockApp:基于模板的分子对接PyMOL插件图形化计算软件

作     者：王有钧 杨羽婵 刘扬 肖智雄 曹洋 WANG You-Jun;YANG Yu-Chan;LIU Yang;XIAO Zhi-Xiong;CAO Yang

作者机构：四川大学生命科学学院成都610065 四川大学计算机学院成都610065 

出 版 物：《生物化学与生物物理进展》 (Progress In Biochemistry and Biophysics)

年 卷 期：2024年第51卷第3期

页      面：716-725页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071011[理学-生物物理学] 07[理学] 

基　　金：国家自然科学基金(81973243 81830108)资助项目 

主　　题：分子对接 PyMOL FitDock 

摘      要：目的分子对接在预测分子之间的结合模式和亲和力方面起着至关重要的作用,是计算结构生物学和计算机辅助药物设计研究的重要方法。本研究团队近期开发了一款基于模板的新型对接方法FitDock,当存在近似的蛋白质配体模板时,它在准确性和速度方面都超过了业界常用的分子对接方法。为了增强FitDock方法的可用性,使其在分子模拟领域得到更广泛的应用,很有必要发展图像化的软件工具。方法基于Python图像化编程,本文开发了FitDockApp,这是分子可视化软件PyMOL的插件软件。结果FitDockApp能够通过操作窗口界面,实现基于模板的分子对接和配体结构比对,实时显示预测三维结构,并提供将对接文件上传到实验室服务器获取最优模板的便利。此外,FitDockApp还具备批量对接功能。结论FitDockApp通过用户友好的界面简化了对接过程,并提供丰富的功能,帮助研究人员获得精确的对接结果。FitDockApp是一款免费软件,兼容Windows和Linux系统,可在http://***/fitdock/下载。