咨询与建议

看过本文的还看了

相关文献

该作者的其他文献

文献详情 >紫菜薹线粒体基因组SSR分布特征的比较分析 收藏

紫菜薹线粒体基因组SSR分布特征的比较分析

Characteristics of SSRs in Zicaitai Mitochondrial Genome

作     者:肖婉钰 周贤玉 任海龙 黄红弟 郑岩松 张晶 许东林 XIAO Wanyu;ZHOU Xianyu;REN Hailong;HUANG Hongdi;ZHENG Yansong;ZHANG Jing;XU Donglin

作者机构:广州市农业科学研究院广东广州510308 广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室广东广州510640 广东省良种引进服务公司广东广州510091 

出 版 物:《福建农业学报》 (Fujian Journal of Agricultural Sciences)

年 卷 期:2024年第39卷第1期

页      面:49-56页

学科分类:09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基  金:2022年省级乡村振兴战略专项资金种业振兴项目(2022-NPY-03-001) 广东省农业科技创新及推广项目(2023KJ133) 

主  题:紫菜薹 芸薹属 线粒体 SSR 

摘      要:【目的】分析紫菜薹(Brassica rapa ***)线粒体基因组SSR序列的分布特征,并与芸薹属主要物种进行比较,为紫菜薹SSR分子标记的开发及遗传进化研究提供参考。【方法】利用MISA软件对紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组进行搜索,并对搜索到的SSR序列分布特征进行比较分析。【结果】在紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组中,分别筛选到168、170、167、168、180、280、185、165、179个完整的SSR序列,相对密度分别为764、774、760、764、775、777、721、744、771个·Mb-1,SSR序列的总长度分别为1562、1577、1547、1562、1664、2564、1722、1524、1646 bp,占各自线粒体基因组序列总长度的比例分别为0.71%、0.72%、0.70%、0.71%、0.72%、0.71%、0.67%、0.69%和0.71%。在1~6个不同核苷酸重复单元中,紫菜薹及芸薹属6个基本种的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多,然后依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸,均未发现六核苷酸重复单元。其中,A/T、AG/CT、AT/AT和C/G是芸薹属线粒体基因组共有的常见重复单元类型。【结论】紫菜薹线粒体基因组大小为219779 bp,共筛选出168个SSR分子标记,相对密度为764个·Mb-1,平均长度为9 bp,以单核苷酸重复单元的数量最多,其次为二、四核苷酸重复单元类型,具有较大的多态性标记开发潜力。

读者评论 与其他读者分享你的观点

用户名:未登录
我的评分