蜡样芽孢杆菌GW-01全基因组测序及生物学特性分析

作     者：刘珊 蒋杨丹 颜佶沙 谢宇宣 赵思佳 何启田 赵甲元 LIU Shan;JIANG Yangdan;YAN Jisha;XIE Yuxuan;ZHAO Sijia;HE Qitian;ZHAO Jiayuan

作者机构：西南土地资源评价与监测教育部重点实验室(四川师范大学)四川成都610101 四川师范大学生命科学学院四川成都610101 浙江大学生物系统工程与食品工程学院浙江杭州310000 

出 版 物：《食品工业科技》 (Science and Technology of Food Industry)

年 卷 期：2024年第45卷第7期

页      面：167-176页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 08[工学] 0805[工学-材料科学与工程（可授工学、理学学位）] 0836[工学-生物工程] 082203[工学-发酵工程] 0822[工学-轻工技术与工程] 

基　　金：国家自然科学基金(31801644) 四川省科技厅面上项目(2022NSFSC0113) 固态发酵资源利用四川省重点实验室开放基金项目(2021GTYY01) 

主　　题：蜡样芽孢杆菌 全基因组测序 生物学特性 安全性 

摘      要：目的:通过全基因组测序和生物信息学,研究前期筛选可降解高效氯氰菊酯(β-CY)蜡样芽孢杆菌GW-01的基因组序列信息和生物学特性,为其安全性评估提供参考。方法:利用HPLC验证了GW-01降解β-CY的能力。GW-01的整个基因组基于二代Illumina NovaSeq与三代PacBio Sequel测序平台相结合的测序技术,对菌株GW-01进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、碳水化合物活性酶预测、毒力因子和抗生素抗性分析,此外,还基于gyrA基因序列对菌株GW-01构建系统发育树。结果:GW-01在第6 d可降解48.4%的β-CY;GW-01菌株全基因组大小为5244145 bp,基因组类型为环状,平均GC含量36.43%,共编码5314个基因,含有104个tRNA基因,313个ncRNA,GW-01菌株全基因组序列在GO、KEGG、COG、NR和Swiss-Prot、CAZy、VFDB、CARD数据库分别注释到基因3536、4714、4434、5290、3854、135、263和96个,GW-01与其他四个近缘菌株相比显示出高GC含量,并且毒力因子和耐药基因较少。结论:GW-01与其近缘菌相比,显示出明显不同的进化途径和毒素编码基因,表明其安全性较高。