基于SNP分子标记构建甘蔗指纹图谱

作     者：余芬 江思容 昝逢刚 夏成材 吕青 刘家勇 夏志强 

作者机构：海南大学南繁学院(三亚南繁研究院)热带作物生物育种全国重点实验室 海南大学热带农林学院 云南省农业科学院甘蔗研究所 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家自然科学基金(32060505) 热带作物生物育种全国重点实验室科研项目(NKLTCB202318) 海南大学科研启动基金项目(KYQD(ZR)-20101) 国家自然科学基金(31660418)共同资助 

主　　题：甘蔗(Saccharum officinarum L. SNP标记 遗传多样性分析 指纹图谱 

摘      要：为提高甘蔗品种真实性的有效鉴定，通过搜集国内外生产上主要的甘蔗品种，基于SNP标记构建甘蔗品种的指纹图谱。本试验收集了国内外248份甘蔗种质资源，利用AFSM建库实验技术以及Illumina Hiseq2000测序平台得到测序数据开发出所有的SNP位点，通过多个指标如杂合率、缺失率和多态性来筛选原始SNP位点，利用本实验室开发的SNP-GA软件进行格式的转变及数据的预处理，最终获得能够鉴定甘蔗种质的100条核心SNP标记，构建248份甘蔗品种SNP-DNA指纹图谱。由100个位点组成的核心位点，其MAF均值为0.469、PIC均值为0.374。通过聚类分析可知，248份甘蔗种质被划分为3大类群。本研究结果可为甘蔗品种的特异性和真实性进行有效鉴定，对甘蔗新品种的培育及鉴定具有重要理论意义。