泉州市2022-2023年新冠病毒Omicron变异株基因组特征及S蛋白突变位点动态分析

作     者：陈晓玲 郑丹凤 龚彩婷 陈韵妍 郑友限 林满芳 陈霖霖 王伟明 CHEN Xiaoling;ZHENG Danfeng;GONG Caiting;CHEN Yunyan;ZHENG Youxian;LIN Manfang;CHEN Linlin;WANG Weiming

作者机构：福建医科大学附属泉州市疾病预防控制中心泉州362000 福建医科大学公共卫生学院福州350122 泉州市疾病预防控制中心泉州362000 

出 版 物：《病毒学报》 (Chinese Journal of Virology)

年 卷 期：2024年第40卷第1期

页      面：97-105页

核心收录：

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：泉州市科技计划项目(项目号:2020N068s) 题目:基于病毒宏基因组学技术分析2019-nCoV感染者呼吸道的病毒谱特点及毒株分子流行病学特征。 

主　　题：新型冠状病毒 奥密克戎 S蛋白 氨基酸突变 聚类热图 

摘      要：本研究旨在了解泉州市新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)流行株的基因型别分布及全基因组特征,动态研究S蛋白关键结构域的突变规律。采用纳米孔测序获取2022年3月至2023年6月泉州市新冠病毒监测病例毒株的全基因组序列,对数据过滤后的641条优质序列进行基因型别鉴定、序列比对及突变位点统计,通过聚类热图动态分析S蛋白关键结构域的氨基酸突变规律,借助VarEPS系统完成变异对病毒传播和适应性影响评估。监测期间泉州地区流行株均为Omicron变异株,总体呈BA.2-BA.5-XBB谱系顺序更替,与同期全国流行趋势基本一致;核苷酸与氨基酸突变位点数分别为81个(79~84个)、57个(55~62个)且逐步增加;S蛋白RBM区有氨基酸变异更替现象,如G446V到G446S、T478K到T478R/N、F486I/V到F486S/P;近期在非BA.2.75流行期间频繁检出BA.2.75于NTD区的高频突变位点,如W152R、F157L、I210V且有上升趋势;不同时期在Furin裂解点或S2亚基区可检出不同的氨基酸突变,与同期流行株基因型别更替相关。这些氨基酸突变均可一定程度上降低S蛋白与中和抗体的稳定性,但对其与ACE2的结合状态改变不大,多为中性突变。从基因层面开展新冠病毒变异动态监测,可以帮助我们掌握区域基因型别特征及病毒变异进化规律,探索变异对病毒传播和适应性影响,及时预警关键变异。