基于生物信息学分析银屑病基因表达差异及潜在中药

作     者：刘小琨 张苍 王翊同 LIU Xiaokun;ZHANG Cang;WANG Yitong

作者机构：北京中医药大学北京100020 首都医科大学附属北京中医医院皮肤科/北京市赵炳南皮肤病医疗研究中心北京100010 

出 版 物：《中医学报》 (Acta Chinese Medicine)

年 卷 期：2024年第39卷第3期

页      面：643-649页

学科分类：1006[医学-中西医结合] 100602[医学-中西医结合临床] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2018YFC1705302) 

主　　题：银屑病 生物信息学 差异表达基因 核心基因 中药预测 

摘      要：目的:通过生物信息学技术分析银屑病皮损与正常组织的基因芯片数据,筛选银屑病的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),探讨银屑病的病理机制,预测治疗银屑病的潜在中药。方法:从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)提取数据集GSE161683、GSE193128、GSE137218原始数据,使用R语言Limmar包筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行功能和信号通路的富集分析,通过String数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape软件及其插件筛选关键基因。将关键基因与Coremine Medical相互映射,筛选治疗银屑病潜在的靶向中药。结果:筛选出DEGs 474个,其中上调DEGs的通路主要富集在白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)、核苷酸寡聚化结构域样受体(nucleotide oligomerization domain like receptor,NLR)、病毒感染等信号通路。STAT1、RSAD2、IFIT3、IFI44L、IFIT1、CXCL10、MX1、IFI44、OASL、OAS1、OAS2、OAS3为筛选的关键基因。预测出治疗银屑病的潜在中药有黄芩、水牛角、大青叶、当归、赤芍、牡丹皮、胆南星、半夏、何首乌、墨旱莲、鳖甲胶、淫羊藿、鹿茸等。结论:筛选出的12个关键基因可能与银屑病皮损的发生相关,皮损发病主要涉及免疫炎症、角质形成细胞的异常增生、抗病毒感染等机制,筛选出的中药为银屑病治疗的潜在靶向中药。