猪δ冠状病毒重庆流行株的诊断与N基因序列分析

作     者：吴学婧 于吉锋 叶勇刚 肖璐 毛从剑 曹冶 康润敏 WU Xuejing;YU Jifeng;YE Yonggang;XIAO Lu;MAO Congjian;CAO Ye;KANG Runmin

作者机构：四川省畜牧科学研究院四川成都610066 动物遗传育种四川省重点实验室四川成都610066 

出 版 物：《畜禽业》 (Livestock and Poultry Industry)

年 卷 期：2024年第35卷第2期

页      面：1-8页

学科分类：0906[农学-兽医学] 09[农学] 

基　　金：四川省省级科研院所基本科研业务费(SASA202202) 国家现代农业体系四川创新团队建设(Sccxtd-2020-08) 四川省区域创新合作项目(2022YFQ0024) 四川省“十四五”川猪重大科技专项项目(2021ZDZX0010) 四川省重点研发项目(2021YFYZ0030、2020YFN0147) 四川省财政运行专项(SASA2022CZYX006) 

主　　题：猪δ冠状病毒 诊断 N基因 遗传进化分析 

摘      要：2023年重庆市某规模化养猪场猪群发生腹泻疫情,通过临床观察、RT-PCR检测、N基因克隆测序及序列分析对采集的腹泻仔猪肠道组织进行鉴定。结果显示,发病猪水样腹泻,小肠壁变薄、黏膜充血;成功检测到1株猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),命名为CQ2023株。该毒株N基因序列全长1029 bp,与30株GenBank中登录的参考毒株N基因序列比对显示,核苷酸序列相似性为96.7%~99.4%,其中PDCoV CQ2023株与CHN-HeN06-2022株的相似性最高,为99.4%。遗传进化分析显示PDCoV CQ2023株属于国内流行株,与国内PDCoV毒株CHN-HeN06-2022等处于同一进化分支,亲缘关系最近。该次研究成功鉴定出该猪场腹泻疫情由PDCoV感染引起,并进行了N基因序列分析,为PDCoV的流行病学研究、遗传进化、预防及诊断试剂的研究提供数据支持。