大银鱼早期发育阶段微生物群落特征及其与免疫和代谢的关联

作     者：周依帆 张希昭 周彦锋 徐东坡 王晨赫 郭世越 蒋书伦 尤洋 ZHOU Yifan;ZHANG Xizhao;ZHOU Yanfeng;XU Dongpo;WANG Chenhe;GUO Shiyue;JIANG Shulun;YOU Yang

作者机构：南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214081 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室江苏无锡214081 

出 版 物：《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 (Journal of Zhejiang University:Agriculture and Life Sciences)

年 卷 期：2024年第50卷第1期

页      面：123-136页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家现代农业产业技术体系项目(CARS-46) 中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助项目(2023TD65) 国家农业科学渔业资源环境滨湖观测实验站建设项目(NAES013FS05) 

主　　题：大银鱼 早期发育 微生物 16S rRNA 转录组 

摘      要：为了解大银鱼早期发育过程中的微生物群落变化规律与特征,采集大银鱼胚胎期(心跳期,XT)、内源性营养期(采样时间为孵化后第1天,记为H1)、混合性营养期(孵化后第4天,H4)、开口摄食期(孵化后第7天,H7)和外源性营养期(孵化后第10天,H10)5个发育时期的样本。通过16S rRNA基因测序技术观察大银鱼早期发育过程中的微生物群落演替,尤其是摄食前后的微生物群落特征和关键菌属;并结合同批次样品的转录组数据,基于关联网络方法重点分析了与免疫和代谢相关的菌属。结果显示:大银鱼早期发育阶段各时期的β多样性存在显著差异(P0.001),其中,XT的优势菌群为黄杆菌属(Flavobacterium)和金黄杆菌属(Chryseobacterium);胚后H1时期的优势菌群为假单胞菌属(Pseudomonas);H4时期的主要菌群为黄杆菌属和假单胞菌属;H7和H10时期的主要菌群为弯曲杆菌属(Flectobacillus)和假单胞菌属。假单胞菌属在各时期中稳定存在。与多种免疫和代谢基因表达显著相关的是弯曲杆菌属等节点菌属。本研究首次获得了大银鱼早期发育阶段的微生物演替信息,同时,筛选到的优势菌属与节点菌属将为大银鱼苗种的规模化培育提供思路和参考。