‘凤丹’根皮转录组SSR位点特征分析

作     者：张虹 罗会婷 严灵君 王仲伟 汤诗杰 

作者机构：南京中医药大学研究生院 江苏省中国科学院植物研究所 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：中央财政林业科技推广示范资金项目-油用牡丹林下复合经营技术集成及示范推广(苏TG08) 江苏现代农业产业技术体系建设项目-江苏省现代农业(特粮特经)产业技术体系六合(油用牡丹)推广示范基地(JATS506)共同资助 

主　　题：‘凤丹’ 转录组 SSR 序列特征 

摘      要：‘凤丹’(Paeonia ostii)是中药材牡丹皮的道地来源之一，其籽油富含α-脂肪酸，是集药用、食用和观赏价值一体的重要作物资源。本研究基于不同套作模式下‘凤丹’根皮的转录组数据对SSR位点信息进行统计分析。结果显示，利用MISA软件在257 012条unigines序列中共搜索到38 275个SSR位点，分布在33 272条序列中，出现频率为14.89%。重复基元类型以单核苷酸和二核苷酸重复为主，分别占比为59.33%和21.35%，单核苷酸的优势重复基元(A/T)占总SSR位点的58.74%，二核苷酸的优势重复基元(AG/CT)，占6.4%。SSR重复次数主要在5～11次之间，重复次数以10次最多，全部为单核苷酸，占总SSR位点的40.45%，在二、三、四、五、六核苷酸中，随着重复次数的增加，SSR位点数随之减少。SSR序列长度分布范围为10～78 bp，平均长度为12.62 bp，基元长度为10 bp的SSR位点最多，有8 274个，占所有SSR位点的40.45%。本研究获得的SSR位点信息，分布特点和序列特征，可为‘凤丹’种质资源的筛选鉴定及分子标记辅助育种提供有效的理论依据。