肉牛大理石花纹等级相关lncRNA筛选与特征分析

作     者：曾灵 张岩峰 李承隆 丁燕玲 周小南 明文轩 苏总华 曲畅 徐俊杰 史远刚 康晓龙 ZENG Ling;ZHANG Yanfeng;LI Chenglong;DING Yanling;ZHOU Xiaonan;MING Wenxuan;SU Zonghua;QU Chang;XU Junjie;SHI Yuangang;KANG Xiaolong

作者机构：宁夏大学动物科技学院宁夏银川750021 

出 版 物：《华北农学报》 (Acta Agriculturae Boreali-Sinica)

年 卷 期：2023年第38卷第S1期

页      面：371-380页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家重点研发计划(2018YFD0501603) 国家自然科学基金(32160776) 宁夏自然科学基金(2021AAC03027)。 

主　　题：肉牛 大理石花纹 长链非编码RNA 肌内脂肪 肉品质 

摘      要：牛肉大理石花纹特征是由多基因调控的重要肉质性状,是衡量高档牛肉品质的条件之一。LncRNA是一种重要的非编码RNA,在调节脂肪沉积的相关生物学过程中发挥重要作用。为了解lncRNA在肉牛不同大理石花纹表型中的潜在生物学作用,采集高(A5)、低(A1)2种极端等级大理石花纹的杂交和牛背最长肌组织,利用高通量测序方法检测与肉质大理石花纹相关的差异lncRNA,预测差异lncRNA反式作用靶基因,并对其进行功能富集分析。结果表明,在2个等级大理石花纹牛肉组织中共筛选出45个显著差异lncRNA,其中在高等级大理石花纹组织中分别有21,24个显著上调及下调的lncRNA,包括MSTRG.9509.3、ENSBTAT00000077612、ENSBTAT00000072841等与脂肪沉积相关的lncRNA。对反式作用靶基因的功能富集分析表明,预测靶基因显著富集到脂多糖结合、脂肪分解等脂肪沉积相关的生物学过程。差异lncRNA可能通过反式作用靶向脂肪沉积相关基因(FABP4、PLIN1、LIPE等)参与调节肉牛大理石花纹表型特征。检测到的牛肉大理石花纹相关差异lncRNA、预测靶基因及其富集通路将为拓展对非编码RNA生物学功能的认识及其与牛肉大理石花纹特征的关系奠定基础,也为农业家畜的优质性状解析与新品种培育提供参考。