肾透明细胞癌患者肾组织干扰素调节因子6基因启动子区甲基化与总生存率的相关性研究

作     者：张洁心 陈灿 卫宇昂 陈林媛 邵鹏飞 徐华国 Zhang Jiexin;Chen Can;Wei Yuang;Chen Linyuan;Shao Pengfei;Xu Huaguo

作者机构：南京医科大学第一附属医院检验学部南京210029 南京医科大学第一附属医院泌尿外科南京210029 

出 版 物：《中华医学遗传学杂志》 (Chinese Journal of Medical Genetics)

年 卷 期：2024年第41卷第2期

页      面：150-156页

学科分类：1003[医学-口腔医学] 10[医学] 

基　　金：江苏省科教能力提升工程(ZDXK202239) 

主　　题：干扰素调节因子6 肾透明细胞癌 甲基化 总生存率 

摘      要：目的探讨干扰素调节因子6(IRF6)基因启动子甲基化在判断肾透明细胞癌(KIRC)患者预后中的价值。方法收集2016年1月至2020年1月在南京医科大学第一附属医院首诊的50例KIRC患者的原发灶组织,采用免疫组化法检测其IRF6蛋白的表达情况,并分析IRF6表达水平与患者生存及肿瘤转移的关系。使用生物信息学方法分别比较KIRC和正常肾组织中IRF6的mRNA及蛋白水平差异,基于大数据库分析癌和癌旁组织中IRF6基因启动子区甲基化率差异;将IRF6基因启动子区甲基化状态与患者总生存率(OS)进行统计分析,筛选出呈现显著负相关的区域,利用细胞系体外验证该启动子区甲基化区域与IRF6转录水平的关系。结果KIRC组织中IRF6 mRNA和蛋白水平均显著低于正常样本(P0.05),该现象在死亡或发生肿瘤转移的KIRC患者中较为突出。KIRC组织中IRF6基因启动子区甲基化程度远高于临近正常肾组织,并且IRF6基因启动子区甲基化与IRF6 mRNA之间存在显著负相关性(R=-0.52)。IRF6基因启动子区域cg12034118和cg16030177的甲基化程度越高,患者OS越短且预后越差;体外KIRC细胞系实验证实,仅cg12034118中有20个CpG位点呈高度甲基化,使用去甲基化试剂5-Aza-CdR处理KIRC细胞系后IRF6转录水平可呈时间和剂量依赖显著性上调(P0.05)。结论KIRC患者肾组织中IRF6基因启动子区甲基化与OS密切相关。cg12034118提示可作为供实验室检测的生物标志物,其高甲基化率对KIRC患者的预后判断有一定参考价值。