酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析

作     者：袁超 练庆海 尼贝贝 许燕 张彤 张剑 Yuan Chao;Lian Qinghai;Ni Beibei;Xu Yan;Zhang Tong;Zhang Jian

作者机构：中山大学附属第三医院肝脏外科暨肝移植中心广州510630 中山大学附属第三医院疫苗研究所广州510630 中山大学附属第三医院生物治疗中心广州510630 

出 版 物：《器官移植》 (Organ Transplantation)

年 卷 期：2024年第15卷第1期

页      面：90-101页

核心收录：

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 1002[医学-临床医学] 100210[医学-外科学(含：普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤、野战外)] 08[工学] 0836[工学-生物工程] 10[医学] 

基　　金：广东省自然科学基金面上项目(2019A1515011850、2022A1515012224) 

主　　题：酒精性肝炎 自噬 关键基因 生物信息学 加权基因共表达网络分析(WGCNA) 基因本体(GO) 京都基因和基因组百科全书(KEGG) 蛋白质相互作用(PPI) 

摘      要：目的筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,蛋白质相互作用(PPI)分析,免疫浸润分析,构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。结果本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因(EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF),均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。结论SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。