马银花转录组测序及生物信息学分析

作     者：宋绪忠 杨华 王秀云 

作者机构：浙江省林业科学研究院 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2023年

学科分类：090706[农学-园林植物与观赏园艺] 0907[农学-林学] 09[农学] 

基　　金：浙江省农业新品种重大专项花卉育种专项(2021C02071-2) 浙江省科研院所扶持专项(2021F1065-1)共同资助 

主　　题：马银花 转录组 RNA-Seq 生物信息 

摘      要：马银花是马银花亚属类杜鹃的模式植物，该研究为了获得马银花的基因数据和初步了解其基因功能，开发SSR分子标记，开展了转录组测序工作。基于RNA-Seq技术对马银花花朵样品进行转录组数据分析。组装获得72 782条Unigene，总长度为93 338 612 bp，与7个公共数据库进行比对，55 744条Unigene被注释，占总数的76.59%。NR数据库注释52 409条，注释的同源序列主要来自中华猕猴桃；41 304条Unigene在GO数据库中比对获得注释，根据功能分为细胞组分、分子功能和生物进程3大类23个亚类；42 437条Unigene在KOG数据库中比对注释，一般功能预测是数量最多的一个类群；2 081条Unigene分在58类TF家族中。在所有Unigene中共检索到289 505个SNP位点，以碱基转换为主。32 261个SSR分布于21 742条Unigene中。该研究为马银花的功能基因挖掘和分子标记开发提供了基础。