栽培型向日葵叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

作     者：王雪 马军 杨学文 张跃华 Wang Xue;Ma Jun;Yang Xuewen;Zhang Yuehua

作者机构：佳木斯大学理学院佳木斯154007 黑龙江省农业科学院经济作物研究所哈尔滨150086 佳木斯大学生命科学学院佳木斯154007 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年第22卷第4期

页      面：1096-1102页

学科分类：0710[理学-生物学] 071001[理学-植物学] 07[理学] 

基　　金：黑龙江省政府博士后资助项目(LBH-Z17204) 黑龙江省农业科学院青年基金项目(2018YYYF033)共同资助 

主　　题：向日葵‘龙赏葵1号’ 叶绿体基因组 密码子 

摘      要：以栽培型向日葵‘龙赏葵1号’为供试材料,筛选出51条叶绿体基因组CDS,进行密码子使用特征分析。利用Codon W 1.4.2、SPSS和在线软件CUSP,进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析,并筛选最优密码子。结果显示‘:龙赏葵1号’向日葵叶绿体基因组密码子各位置GC含量为GC1(47.14%)GC_(2)(39.44%)GC_(3)(28.42%),密码子末位碱基以A/T为主;ENC取值范围为39.13~59.17,ENC45的基因共有38个,密码子使用偏好性较弱;RSCU1的密码子有30个,其余29个以A/U结尾,偏好性明显;相关分析发现,其密码子使用偏好主要受自然选择影响;高频和高表达相结合的方法确认12个密码子为最优密码子,分别为CUU、AUA、CCA、ACU、GCU、UAU、UAG、CAU、AAA、GAU、AGU、GGA。