橄榄转录组SSR信息分析及分子标记开发与应用

作     者：谢倩 张诗艳 江来 丁明月 刘玲玲 吴如健 陈清西 XIE Qian;ZHANG Shiyan;JIANG Lai;DING Mingyue;LIU Lingling;WU Rujian;CHEN Qingxi

作者机构：福建农林大学园艺学院福州350002 福建省农业科学院果树研究所福州350013 

出 版 物：《园艺学报》 (Acta Horticulturae Sinica)

年 卷 期：2023年第50卷第11期

页      面：2350-2364页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：福建省现代农业产业技术体系建设专项(闽财教指61号) 福建农林大学横向科技创新基金项目(102-KHF200005) 

主　　题：橄榄 转录组 SSR 多态性引物 遗传多样性 群体结构 

摘      要：选取不同品种(系)橄榄成熟果进行转录组测序,结果获得296314条序列,应用MISA软件进行SSR位点分析,获得86084个SSR位点,分布在70686条序列中,SSR在所检测序列中出现频率为23.86%,其中54735条序列含有两个及以上的SSR位点,占比达68.4%;橄榄转录组中SSR序列以复合型核苷酸、单核苷酸、二核苷酸重复类型为主,三者占SSR总数的88.88%;单核苷酸、二核苷酸重复类型中优势基元分别为A/T、AG/CT/TC/GA。以6个不同橄榄品系(种)为研究对象,对随机挑选的99对SSR引物进行有效性与多态性筛选,最终开发了53个有效性SSR分子标记,12个多态性SSR分子标记。利用开发的12个多态性EST-SSR标记对59份橄榄种质进行多态性评价与群体结构分析,结果共检测到48个多态性位点,香农多样性指数平均0.876,多态信息含量平均0.426。利用混群模型分组、UPGMA聚类和PCA对59份橄榄种质进行群体结构分析,混群模型分析结果与UPGMA聚类结果、主成分分析结果有类群上的交叉,但类群数有所不同,混群模型将其划分为3个类群;UPGMA聚类分析在遗传相似系数为0.68处划分为2大种群,与PCA方法分类结果相同。研究结果认为开发的12对SSR标记遗传多样性丰富、有效,为橄榄种质资源鉴别提供可靠的基础工具。