外周血白细胞PTK7表达水平与冠心病的相关性及其诊断价值

作     者：杨英 张义炜 陈宁园 黄玲 潘尚领 YANG Ying;ZHANG Yiwei;CHEN Ningyuan;HUANG Ling;PAN Shangling

作者机构：广西医科大学基础医学院病理生理学教研室广西南宁市530021 

出 版 物：《中国动脉硬化杂志》 (Chinese Journal of Arteriosclerosis)

年 卷 期：2023年第31卷第11期

页      面：958-968页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100201[医学-内科学(含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病)] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(81960266) 广西自然科学基金面上项目(2022JJA140739) 广西医科大学长寿与老年相关疾病教育部重点实验室开放课题(KLLAD201902) 

主　　题：冠心病 蛋白酪氨酸激酶7 单细胞RNA测序分析 反转录定量PCR 生物信息学 

摘      要：[目的]探究蛋白酪氨酸激酶7(PTK7)与冠心病(CHD)的相关性及其诊断价值。[方法]通过GEO数据库获得目标基因。采用StataSE15求PTK7的总标准化平均差(total SMD),绘制总受试者特征(SROC)曲线。采用反转录定量PCR(RT-qPCR)验证PTK7在CHD和对照组人群样本中的表达情况,并从GEO数据库搜索CHD相关单细胞RNA测序数据从而分析PTK7在不同细胞中的表达情况。通过CDB数据库预测PTK7的上游转录因子,对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析。[结果]通过分析从GEO数据库获取的数据集,发现PTK7在CHD患者外周血白细胞(PBL)中高表达(total SMD=0.81,95%CI=0.17~1.45)。人群样本验证也证实了上述结果。绘制SROC,曲线下面积(AUC)=0.79,表明PTK7具有中等的区分CHD与非CHD的能力。单细胞RNA测序分析结果显示PTK7在正常外周血不同细胞中表达比例较低。此外通过ChIP-seq数据库预测PTK7潜在的上游转录因子,发现IRAK1、SNAI2可能是PTK7的正相关上游转录因子,EP300、NIPBL可能是PTK7的负相关上游转录因子。[结论]PBL中PTK7的高表达与CHD发生呈正相关,具有一定的诊断价值。