链霉菌Streptomyces ***04全基因组测序分析

作     者：唐碧瑶 付学鹏 TANG Bi-yao;FU Xue-peng

作者机构：齐齐哈尔大学生命科学与农林学院齐齐哈尔161006 

出 版 物：《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)

年 卷 期：2023年第39卷第10期

页      面：268-280页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：黑龙江省自然科学基金项目(LH2021C098) 黑龙江省属本科高校基本科研业务费(135509317) 齐齐哈尔大学研究生创新科研项目(YJSCX2022018) 

主　　题：链霉菌 基因组 基因注释 次级代谢 

摘      要：链霉菌Streptomyces ***04是健康马铃薯根际土壤中分离的一株对致病疫霉(Phytophthora infestans)有显著拮抗作用的革兰氏阳性放线菌。解析菌株FXP04的全部基因组序列信息,深入探索该菌株拮抗作用机制,并挖掘其次级代谢产物基因资源。利用Illumina和PacBio平台相结合测序技术对FXP04进行全基因组测序,并进行了基因预测、功能注释、比较基因组学分析以及次级代谢产物合成基因簇预测。FXP04基因组大小为4 535 201 bp,共编码5 037个基因,GC含量为72.95%,其中含有3个5S rRNA、3个16S rRNA、3个23S rRNA,33个tRNA以及23个s RNA;含有1 699个串联重复序列,含1 284个小卫星DNA,188个微卫星DNA;在GO、COG、KEGG、CAZy、VFDB和ARDB数据库分别注释到2 088、2 319、1 530、73、139和14个基因;同时预测到菌株FXP04中有10个次级代谢产物合成基因簇,分别编码杀粉蝶菌素、Youssoufene等抑菌物质。通过基因组测序初步揭示了菌株FXP04的内在作用机制,对后续开发利用菌株FXP04提供理论依据。