GⅡ.4型诺如病毒VP2蛋白生物信息学分析

作     者：林鹏 黄玉雯 李学鹏 励建荣 LIN Peng;HUANG Yuwen;LI Xuepeng;LI Jianrong

作者机构：渤海大学食品科学与工程学院渤海大学海洋研究院辽宁省食品安全重点实验室生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心辽宁锦州121013 

出 版 物：《现代食品科技》 (Modern Food Science and Technology)

年 卷 期：2023年第39卷第9期

页      面：42-51页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划重点专项(2019YFD0901702) 

主　　题：诺如病毒 VP2蛋白 生物信息学 

摘      要：为了解诺如病毒VP2蛋白的生物学特征,该研究以当前诺如病毒GII.4型流行毒株VP2蛋白为研究对象,应用生物信息学软件对VP2蛋白的理化性质、磷酸化位点、糖基化位点、跨膜区、信号肽、二级结构、三级结构、抗原决定簇和B细胞抗原表位进行预测分析。结果表明,诺如病毒流行毒株VP2蛋白为稳定的亲水性蛋白,平均等电点为10.47、吸水系数为-0.47、不稳定系数为47.91,碱性氨基酸约占含量的11.60%;该蛋白含有约43个潜在的磷酸化修饰位点和2个潜在的糖基化修饰位点;大多数毒株不存在跨膜区和信号肽,然而GI.3型诺如病毒VP2蛋白存在跨膜区和信号肽;诺如病毒VP2蛋白二级结构中α-螺旋平均占比38.17%、延伸链平均占比7.45%、β-折叠平均占比6.25%、无规则卷曲平均占比48.13%;三级结构预测模型的蛋白覆盖率为56.70%;平均存在8个潜在的蛋白质抗原决定簇和25个B细胞抗原表位。该研究运用生物信息学分析方法预测当前GII.4型诺如病毒流行毒株VP2蛋白的理化性质和结构等方面,为进一步深入研究诺如病毒VP2蛋白功能奠定了理论基础。