多年宿根甘蔗的转录组分析及差异基因挖掘

作     者：程琴 李佳慧 谭秦亮 宋奇琦 朱鹏锦 欧克纬 农泽梅 卢业飞 吕平 周全光 庞新华 彭欣怡 CHENG Qin;LI Jiahui;TAN Qinliang;SONG Qiqi;ZHU Pengjin;OU Kewei;NONG Zemei;LU Yefei;LV Ping;ZHOU Quanguang;PANG Xinhua;PENG Xinyi

作者机构：广西壮族自治区亚热带作物研究所南宁530001 

出 版 物：《中国生物工程杂志》 (China Biotechnology)

年 卷 期：2024年第44卷第2期

页      面：25-38页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：广西科技计划(桂科AB23026083、桂科AA22117002-6) 广西农业科学院基本科研业务专项(桂农科2021YT151)资助项目 

主　　题：甘蔗 宿根性 转录组 脱落酸 

摘      要：甘蔗(Saccharum hybirds)宿根性直接关系到甘蔗生产成本和种植效益,品种、环境和栽培措施均会影响甘蔗宿根能力,但品种的种性是影响宿根性最关键因素。国内外从分子生物学层面解释甘蔗宿根性差异的文献鲜见报道,从转录水平分析不同宿根年限GR2号和ROC22号基因表达的差异。结果表明:转录组测序共得到100558条转录本和25582条Unigene。获得53790条Unigene的注释结果,分别在NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam数据库进行比对。GO功能注释共分成三大类,51小类,6年宿根蔗注释到1029个差异基因,3年宿根蔗注释到3391个差异基因。主要KEGG代谢通路有8条,分别涉及植物激素信号转导,淀粉和蔗糖代谢,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,苯丙素生物合成,同源重组,DNA复制,错配修复及植物病原体相互作用。筛选出脱落酸(ABA)相关差异基因6个,分别为脱落酸不敏感蛋白2基因(ABI2)、bZIP转录因子超家族蛋白、碱性亮氨酸拉链型转录因子基因(ABI5)、aba响应元件结合因子1基因(ABF1)、G-box结合因子基因(GBFs)、aba响应元件结合因子基因(ABF)。以上差异基因将作为后期进行基因表达和功能分析的参考基因,并联合蛋白质组学深入分析影响甘蔗宿根性的分子机制。