基于生物信息学挖掘间变性甲状腺癌预后生物标志物及潜在的分子机制和免疫机制

作     者：柴武斌 陈超 黄海波 

作者机构：浙江大学医学院附属第二医院岱山分院甲乳外科浙江舟山316200 浙江省肿瘤医院核医学科浙江杭州310022 

出 版 物：《实用肿瘤杂志》 (Journal of Practical Oncology)

年 卷 期：2023年第38卷第4期

页      面：382-392页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：舟山市级公益类科技项目(2021C31087) 

主　　题：间变性甲状腺癌 生物信息学 预后 免疫机制 肿瘤微环境 

摘      要：目的运用生物信息学方法对间变性甲状腺癌(anaplastic thyroid carcinoma,ATC)的转录组数据进行分析,寻找相关生物标志物及潜在机制。方法通过IMAGEO分析平台对Gene Expression Omnibus(GEO)的转录组基因芯片数据集GSE85457、GSE65144和GSE29265综合筛选区别ATC与正常甲状腺组织的关键靶点,并对关键靶点进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)分析。运用Cytoscape的CytoHubba插件筛选出前10位的核心靶基因。运用Kaplan-Meier法探究ATC核心靶基因对患者总生存期的影响,探究ATC预后相关靶基因与常见分子亚型相关性。基于CIBERSORT算法分析其与免疫细胞浸润丰度和免疫检查点基因的关系。结果共筛选出ATC差异表达基因1891个,其中包含832个上调基因,1059个下调基因(均P0.7,均P0.3,均P0.2,均P0.4,均P0.5,均P0.6,P0.05)。结论CDK1和CCNB1的高表达水平与ATC患者预后呈负相关,其表达水平影响患者预后可能通过调节肿瘤免疫微环境实现。CDK1具有更强的免疫原性,为ATC诊断与预后的潜在生物标志物。