江苏口岸1例境外输入性新型冠状病毒奥密克戎BF.26全基因组测序及特征分析

作     者：史燕 胡双双 武志远 田锋 聂国嫒 杨国平 苏小建 杨庆贵 张荣 耿合员 SHI Yan;HU Shuangshuang;WU Zhiyuan;TIAN Feng;NIE Guoai;YANG Guoping;SU Xiaojian;YANG Qinggui;ZHANG Rong;GENG Heyuan

作者机构：新疆国际旅行卫生保健中心(乌鲁木齐海关口岸门诊部)新疆乌鲁木齐830018 江苏国际旅行卫生保健中心(南京海关口岸门诊部)江苏南京210019 乌鲁木齐海关技术中心新疆乌鲁木齐830018 

出 版 物：《中国病毒病杂志》 (Chinese Journal of Viral Diseases)

年 卷 期：2023年第13卷第4期

页      面：260-263页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划(2021YFC2301200) 新疆维吾尔自治区重点研发计划项目(2019B00002) 南京海关科研项目(2023KJ02) 

主　　题：SARS-CoV-2 全基因组测序 基因特征 奥密克戎BF.26型 

摘      要：目的对江苏口岸1例境外输入性新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARSCoV-2)感染者咽拭子样本开展全基因组测序及序列分析,掌握输入性SARS-CoV-2基因组变异特征,为口岸新型冠状病毒感染防控提供科学依据。方法对2022年10月份1例从江苏口岸入境的输入性新型冠状病毒感染者的咽拭子样本,通过荧光定量反转录PCR(real-time fluorescence quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)法进行病毒核酸检测,通过二代测序技术进行全基因组测序,并通过生物信息学软件进行序列分析并构建进化树。结果获得1株输入性SARS-CoV-2全基因组序列(GenBank:***804249),基因组全长29769 bp,基因分型结果显示该毒株为奥密克戎BF.26型。与原始毒株(GenBank:***_045512.2)相比,该毒株共81个碱基发生了突变,59个碱基区域发生了缺失,氨基酸突变55个,氨基酸缺失14个。结论奥密克戎BF.26型为江苏口岸首次检出的输入性新型冠状病毒基因型,为当地口岸新型冠状病毒的溯源及防控提供科学依据。