甘肃地区一株PCV-3流行毒株的全基因序列测定及遗传演化分析

作     者：张辉 马雪青 袁红 李勇生 魏达礼 卢曾军 刘在新 韩庆彦 孙普 ZHANG Hui;MA Xueqing;YUAN Hong;LI Yongsheng;WEI Dali;LU Zengjun;LIU Zaixin;HAN Qingyan;SUN Pu

作者机构：甘肃省动物疫病预防控制中心兰州730046 中国农业科学院、兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室/国家口蹄疫参考实验室兰州730046 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2023年第13期

页      面：80-87,93页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：甘肃省科技重大专项(22ZD6NA001) 甘肃省农业农村厅科技项目(GSKL-2020-7) 

主　　题：猪圆环病毒3型 流行毒株 全基因组 遗传变异 基因缺失 

摘      要：为了了解甘肃地区猪圆环病毒(PCV)的基因特征,试验采用PCR方法和基因测序技术,对甘肃省2018—2022年期间发生流行性腹泻的死亡仔猪病料进行回顾性检测,并对获得的毒株进行全基因测序,同时与参考毒株序列进行基因特征分析。结果表明:试验成功获得一株PCV-3毒株,将其命名为GSJN/2/2018毒株,该毒株的全基因组序列长度为1 999 nt,在1 149 nt处缺失碱基G,与参考毒株全基因序列的核苷酸相似性为97.8%~99.8%;ORF1和ORF2基因与参考毒株的核苷酸和氨基酸序列相似性分别为98.8%~99.9%/97.0%~100%和96.4%~99.7%/94.4%~100%;基于全基因组序列、ORF1和ORF2基因序列分别构建的系统进化树均将GSJN/2/2018毒株划分为PCV-3a基因型;该毒株主要线性抗原表位和3个滚环复制基序FTINN、HLQG、YCKK没有发生变异。说明通过回顾性检测获得的甘肃地区流行较早的GSJN/2/2018毒株属于PCV-3a基因型,并发现了新的基因缺失,丰富了PCV-3的基因组信息。