艾纳香叶绿体基因组密码子使用偏性分析

作     者：赵月梅 徐其碧 杨贵清 尹鑫 徐林 ZHAO Yuemei;XU Qibi;YANG Guiqing;YIN Xin;XU Lin

作者机构：贵州师范学院生物科学学院贵州贵阳550018 

出 版 物：《西部林业科学》 (Journal of West China Forestry Science)

年 卷 期：2023年第52卷第3期

页      面：55-62,77页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31900273) 贵州师范学院博士科研启动项目(2022BS015) 大学生创新创业训练计划项目(S202114223051)。 

主　　题：艾纳香 叶绿体基因组 最优密码子 密码子偏性 

摘      要：为了明确艾纳香叶绿体基因组密码子的使用偏性,以53条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果显示:(1)艾纳香叶绿体基因组密码子不同位置GC碱基含量为GC 1(45.20%)GC 2(38.51%)GC_(3)(29.20%),说明密码子末位碱基偏好以A/U结尾。(2)有效密码子数(ENC)取值范围是37.03~58.20,表明密码子偏性较弱。(3)相对同义密码子(RSCU)1的密码子有30个,其中以A、U结尾的有29个。(4)GC_(3)和GC_(12)相关性不显著;ENC-plot中大部分基因分布于期望曲线周围和下方,ENC比值分布在-0.05~0.05区间的基因有34%;PR2-plot分析中,T的使用频率高于A,G的使用频率高于C;上述分析均表明密码子偏性主要受自然选择的影响。(5)筛选出16个密码子为最优密码子,多以A或U结尾。研究结果对指导艾纳香叶绿体基因进行遗传转化、提高外源基因的表达效率、系统进化分析等方面具有一定的意义。