生信分析Top2a在胃癌中的表达和功能富集

作     者：翁才明 赵虎 王瑜 林楠 吴伟航 方永超 郑师尧 余立辉 WENG Cai-ming;ZHAO Hu;WANG Yu;LIN Nan;WU Wei-hang;FANG Yong-chao;ZHENG Shi-yao;YU Li-hui

作者机构：中国人民解放军联勤保障部队第九○○医院普通外科福建福州350001 

出 版 物：《生物技术》 (Biotechnology)

年 卷 期：2023年第33卷第3期

页      面：312-321页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(82003002) 中国人民解放军联勤保障部队第九○○医院杰青项目(2021JQ02) 

主　　题：胃癌 生物钟基因 Top2a 生物信息学 预后 

摘      要：[目的]通过生物信息学分析了解Top2a在胃癌组织中的表达和功能富集。[方法]GEO数据库获取胃癌芯片,筛选生物钟基因,String数据库及Cytoscape软件绘制蛋白互作图(PPI),富集分析确定基因生物学意义,表达差异分析、ROC曲线绘制及生存分析确定最终的关键基因(hub-gene),GSEA分析挖掘hub-gene涉及通路,TISCH数据库确定基因与胃癌肿瘤微环境(TME)的关系。[结果]从GSE79973和GSE65801获取300个DEGs,其中有3个生物钟基因——Top2a、Ghrl、Nrob2。PPI图获得与3个生物钟基因存在相互作用关系的53个基因,GO联合KEGG分析发现,其功能及通路主要富集在物质吸收与分泌、细胞粘附、细胞间质成分构建等。表达差异分析、生存预后分析、临床诊断价值分析获得最终hub-gene——Top2a,GSEA富集结果发现Top2a涉及细胞增殖、基因调控、基体锚定、表观遗传调控等通路,TME相关分析发现Top2a的表达与细胞间质及粘液分泌有着密切关联。[结论]生物钟基因Top2a是胃癌的独立不良预后因素,参与包括细胞分裂过程、癌基因调控以及细胞间质转变等过程。