尾花细辛与花叶细辛叶绿体基因组比较及系统发育分析

作     者：柏国清 卢元 尉倩 刘安成 李仁娜 丛晓峰 周军辉 陈尘 BAI Guo-qing;LU Yuan;WEI Qian;LIU An-cheng;LI Ren-na;CONG Xiao-feng;ZHOU Jun-hui;CHEN Chen

作者机构：陕西省西安植物园(陕西省植物研究所)陕西植物资源保护与利用工程技术研究中心陕西西安710061 

出 版 物：《药学学报》 (Acta Pharmaceutica Sinica)

年 卷 期：2023年第58卷第5期

页      面：1364-1371页

核心收录：

学科分类：100703[医学-生药学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：陕西省科学院科技计划项目(2017K-12,2021K-10) 陕西省重点研发计划项目(2021SF-391) 陕西省自然科学基础研究计划项目(2022JM-458) 陕西省创新能力支撑计划项目(2022KJXX-27) 

主　　题：细辛属 尾花细辛 花叶细辛 叶绿体基因组 系统发育 

摘      要：本研究通过Illumina高通量测序技术对细辛属药用植物尾花细辛(Asarum caudigerum Hance)和花叶细辛(*** Franchet)进行了叶绿体基因组测序,利用生物信息学分析方法进行组装、注释和结构特征分析,并与已发表的12个马兜铃科植物叶绿体基因组进行了系统发育分析。结果显示,尾花细辛和花叶细辛叶绿体基因组全长为186215~186985 bp,大单拷贝区(LSC)长度为89445~90169 bp,两个反向互补重复区(IRs)长48387~48408 bp。两者叶绿体基因组中的GC含量为37.4%~37.5%,共注释到144个基因,包括98个蛋白编码基因(PCGs),38个tRNA基因和8个rRNA基因。此外,在细辛属叶绿体基因组中检测到复杂的基因组重排现象;同时,对序列的离散型进行可视化评估表明,非编码区变异水平高于编码区。系统发育结果显示,尾花细辛与长毛细辛聚为一支,花叶细辛、汉城细辛、***和***则聚为一支,且这两支互为姊妹关系。本研究为细辛属物种分子鉴定、系统发育及分子植物育种等研究提供科学依据。