基于SLAF-seq技术的人参SNP位点开发及遗传多样性分析

作     者：赵海悦 张浩 逄世峰 李政 李舒欣 许世泉 Zhao Haiyue;Zhang Hao;Pang Shifeng;Li Zheng;Li Shuxin;Xu Shiquan

作者机构：中国农业科学院特产研究所长春130112 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2023年第21卷第7期

页      面：2311-2317页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1610342020013) 国家重点研发计划项目(2017YFC170210)共同资助 

主　　题：人参 SNP标记 SLAF-seq 

摘      要：人参(Panax ginseng ***)是五加科(Araliaceae)人参属(Panax)多年生草本植物,有“百草之王的美誉,具有极高的药用价值和经济价值。本研究通过特异性位点扩增片段测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对72份人参种质资源进行了分子标记开发,通过测序共获得所有样品的平均reads数为7823423,样本平均GC含量为40.49%,平均测序质量值Q30为93.25%。本研究的平均测序深度为19.06 x,通过生物信息学分析共开发了1489598个SLAF标签,其中多态性标签占578314个,共获得1901215个SNP标记。利用开发的SNP分子标记将72份人参样品分为4组。特异性的人参SNP位点开发和研究可为人参种质资源鉴定和遗传多样性分析提供理论基础。