山胡椒基因组大小的估测及其重要自然群体的倍性鉴定
Estimation of Genome Size of Lindera glauca and Ploidy Identification of Wild Individuals in Important Populations作者机构:贵州大学茶学院贵阳550025
出 版 物:《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)
年 卷 期:2023年第21卷第7期
页 面:2132-2143页
基 金:国家自然科学基金项目(31900272) 贵州省教育厅青年人才项目(黔教合KY字084) 贵州大学人才引进项目(2018-09)共同资助
主 题:山胡椒 流式细胞术 全基因组调查 K-mer分析 倍性鉴定
摘 要:山胡椒是一种果实富含油脂、根茎叶具较高药用价值的经济树种。现阶段山胡椒基本处于野生状态,分析山胡椒的基因组大小特征及自然群落个体倍性,对促进该物种种质挖掘利用具有重要意义。本研究通过流式细胞术和K-mer频数分析两种方法对山胡椒基因组大小进行预测,并利用前者分析三个山胡椒自然群体(河南鸡公山,贵州梵净山和台湾地区大肚山)的个体倍性。流式细胞术以山苍子(2n=2x=24)作为内标。K-mer频数分析通过对其基因组DNA进行Illumina测序,得到过滤数据218.64 Gb。流式细胞实验结果显示,山胡椒基因组大小约为2.32 Gb,而K-mer频数分析显示其基因组大小约为2.22 Gb,杂合率为1.42%,重复率为76.75%。本研究共检测了123份个体,获得结果118份,结果显示全为二倍体。综合两种分析方法,本研究认为山胡椒是高杂合、高重复物种,基因组大小为2.22~2.32 Gb。个体倍性鉴定结果表明,不论是有性生殖还是孤雌生殖,中国境内的山胡椒野生型个体基本为二倍体,自然种群倍性处于稳定状态。研究结果可为后续山胡椒的基因组学、生殖学研究与利用等相关工作提供参考。