华南地区牛结节性皮肤病病毒全基因组测序及分析

作     者：周秀蓉 黄敏霞 徐志宏 温肖会 罗胜军 贾春玲 高原 翟颀 吕殿红 ZHOU Xiurong;HUANG Minxia;XU Zhihong;WEN Xiaohui;LUO Shengjun;JIA Chunling;GAO Yuan;ZHAI Qi;LYU Dianhong

作者机构：广东省农业科学院动物卫生研究所广东省畜禽疫病防治研究重点实验室/农业农村部兽用药物与诊断技术广东科学观测实验站/岭南现代农业科学与技术广东省实验室肇庆分中心广东广州510640 仲恺农业工程学院动物科技学院广东广州510225 珠海市启信达生物科技有限公司广东珠海519000 

出 版 物：《中国兽医学报》 (Chinese Journal of Veterinary Science)

年 卷 期：2023年第43卷第2期

页      面：260-268页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：广州市基础与应用基础研究基金资助项目(202201011182) 广东省动物疫病野外科学观测研究站资助项目(2021B1212050021) 广东省现代农业产业技术体系创新团队建设专项资金资助项目(2022KJ119) 广东省农业科学院“十四五”学科团队资助项目(202122TD) 广东省农业科学院动物卫生研究所创新基金资助项目(CX202112) 

主　　题：华南地区 牛结节性皮肤病病毒 全基因组测序 

摘      要：为了对2020年我国华南地区牛结节性皮肤病(lumpy skin disease,LSD)疫情进行溯源调查,本研究采用商品化检测试剂盒和透射电镜对2份华南地区疑似感染的牛皮肤结节组织样本进行鉴定,利用高通量测序技术进行病毒全基因组测序,并对其进行序列比对、遗传进化和病毒重组分析。qPCR检测结果显示2份样本均为牛结节性皮肤病病毒(lumpy skin disease virus,LSDV)阳性,电镜观察到典型LSDV病毒粒子形态,将其命名为China/GD02/2020株和China/GX01/2020株,获得全基因组序列上传GenBank获得登录号分别为OM803091和OM803092。对病毒全基因组序列比对及遗传进化分析显示GD02和GX01株的核苷酸相似性达到99.99%,并与2020年中国台湾、中国香港和越南的LSDV分离株处于进化树的同一小分支,且均归属为重组病毒。病毒重组分析表明2株病毒的主要亲本为南非疫苗株(Neethling vaccine LW 1959),次要亲本为摩洛哥从牛分离的田间株(LSD/KSGP 0240/Morocco/2017)和南非野毒株(Neethling Warmbaths LW)等。本研究对国内LSDV流行毒株的遗传演化、溯源和防控具有借鉴意义。