基于二代测序哈巴乌头叶绿体基因组分析

作     者：马福仙 魏健生 耿云芬 张汉尧 MA Fu-xian;WEI Jian-sheng;GENG Yun-fen;ZHANG Han-yao

作者机构：西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 哈巴雪山省级自然保护区管护局云南迪庆674402 

出 版 物：《西部林业科学》 (Journal of West China Forestry Science)

年 卷 期：2023年第52卷第1期

页      面：175-181页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：昆明市国际(对外)科技合作基地(GHJD-2020031) 云南省产业技术领军人才(YNWR-CYJS-2018-037) “气候变化影响下哈巴雪山珍稀濒危植物种质资源保存与人工繁育技术研究项目”共同资助 

主　　题：哈巴乌头 Illumina测序 叶绿体基因组 密码子偏好性 

摘      要：为了解哈巴乌头叶绿体基因组特征及密码子偏好性,本研究采用Illumina HiSeq对哈巴乌头叶绿体基因组进行测序,组装获得完整叶绿体基因组序列,并利用CUSP和Codon W软件分析该物种叶绿体基因组密码子偏好性。结果显示:哈巴乌头叶绿体基因组全长155800 bp,是典型的四分结构,由1对长为29296 bp的IR、1个长为16864 bp的SSC和1个长86399 bp的LSC组成;该基因组包括84个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和37个tRNA基因;系统进化分析显示,哈巴乌头和中甸乌头聚在同一个分支;叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.65%)GC2(39.71%)GC3(29.01%),说明其偏好以A/U结尾;有效密码子数(ENC)范围为36.77~58.98,ENC值45的编码序列有36个,说明密码子偏性低;中性绘图等分析显示哈巴乌头叶绿体基因组密码子偏好性受选择的影响较大;最优密码子有14个,均以A/U结尾。本研究为哈巴乌头叶绿体基因工程、种源鉴定等研究提供参考依据。