VFDB注释法在食源性金黄色葡萄球菌肠毒素基因分型分析中的应用

作     者：徐蕾蕊 汪琦 刘俊 巴哈提古丽·马那提拜 邓锐杰 曾静 孙震 XU Leirui;WANG Qi;LIU Jun;MANATIBAI·Guhatiguli;DENG Ruijie;ZENG Jing;SUN Zhen

作者机构：中国海关科学技术研究中心北京100026 成都海关四川成都610041 乌鲁木齐海关新疆乌鲁木齐830018 四川大学四川成都610042 

出 版 物：《中国食品卫生杂志》 (Chinese Journal of Food Hygiene)

年 卷 期：2022年第34卷第6期

页      面：1218-1225页

核心收录：

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100403[医学-营养与食品卫生学] 10[医学] 

基　　金：海关总署科研项目(2021HK214) 

主　　题：VFDB注释法 金黄色葡萄球菌 肠毒素 基因分型 

摘      要：目的 应用VFDB注释法对食源性金黄色葡萄球菌肠毒素基因进行分型并评价其准确性。方法 分别使用VFDB注释法和特异引物PCR方法对2009—2016年从北京地区食品中分离的53株金黄色葡萄球菌的18种肠毒素基因(包括传统肠毒素基因sea~see,新型肠毒素基因seg~sej和类肠毒素基因sek~seu)携带情况进行分析。将VFDB注释法所得肠毒素基因序列上传至NCBI,使用BLASTX程序和refseq_protein数据库对注释结果进一步核对。结果 VFDB注释法和PCR方法都检测出53株金黄色葡萄球菌分离株中有45株携带1种或多种肠毒素基因,有8株未携带肠毒素基因,肠毒素基因的总携带率为84.91%(45/53),经典肠毒素基因的携带率为58.49%(31/53)。45株携带肠毒素基因的分离株中,16株菌(35.56%,16/45)肠毒素基因VFDB分型结果与PCR一致,29株菌(64.44%,29/45)的肠毒素基因VFDB分型结果与PCR不一致。经BLASTX核对,VFDB注释法可能误判的基因型包括sea/sed、sea/sej、sea/sep、sea/ser、seg/ser和sek/sei(VFDB注释/BLASTX核对)。结论 VFDB注释法可对食源性金黄色葡萄球菌肠毒素基因进行分型分析,但是对注释为sea、seg和sek的序列建议采用BLASTX程序和refseq_protein数据库进一步核对,以提高基因分型的准确性。