基于生物信息学方法筛选结直肠癌转移的相关基因

作     者：丘新泽 罗世波 陶坤林 闭彩莹 吴江妮 黄杰安 刘诗权 Qiu Xinze;Luo Shibo;Tao Kunlin;Bi Caiying;Wu Jiangni;Huang Jiean;Liu Shiquan

作者机构：广西医科大学第二附属医院消化内科南宁530000 

出 版 物：《重庆医科大学学报》 (Journal of Chongqing Medical University)

年 卷 期：2022年第47卷第12期

页      面：1496-1501页

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 08[工学] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(编号:81460380) 广西自然科学基金资助项目(编号:2017GXNSFAA198019)。 

主　　题：结直肠癌 转移 生物信息学分析 差异基因 

摘      要：目的:应用生物信息学对基因芯片数据进行分析,探讨结直肠癌的转移机制,寻找潜在的转移及预后标记物。方法:从GEO数据库选取GSE41568、GSE68468进行分析,使用R语言limma包筛选结直肠原发癌与转移瘤之间的差异基因,获得2个数据集的共同差异基因;运用clusterProfiler包进行功能富集分析并进行可视化;通过STRING数据库、Cytoscape软件进行蛋白质互作网络分析及关键模块的筛选;使用TCGA数据库的结直肠癌数据对差异基因进行表达分析和生存分析。结果:共筛选出108个共同差异基因;通过基因富集分析发现,差异基因主要富集在补体及凝血级联等通路及生物学过程中;通过蛋白质互作网络分析发现3个关键模块;基于TCGA数据对共同差异基因分析发现,CLCA1、COLEC11、FCGBP、PDZD2、SERPINA1、SPINK4共6个基因在Ⅰ-Ⅱ和Ⅲ-Ⅳ期结直肠癌的表达有显著差异(P0.05),并且与结直肠癌的预后显著相关(P0.05)。结论:通过生物信息学筛选出108个共同差异基因及3个关键模块,并得到6个预后相关基因,为研究结直肠癌的转移机制及预后、靶向治疗提供了一定的理论支持。