利用SALF-seq简化基因组测序分析茄子种质资源遗传多样性

作     者：冯恩友 肖熙鸥 林文秋 莫定鸣 冯晓赓 马飞骏 Feng Enyou;Xiao Xi'ou;Lin Wenqiu;Mo Dingming;Feng Xiaogeng;Ma Feijun

作者机构：湛江市农业科学研究院湛江524094 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所湛江524091 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2022年第20卷第23期

页      面：7940-7949页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(No.31872117) 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1630062022003) 广东省重点研发计划项目(2022B0202080003)共同资助 

主　　题：茄子 SLAF-seq 遗传多样性 SNP位点 

摘      要：为研究茄子种质资源的亲缘关系,本研究利用SLAF-seq (Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing)简化基因组测序对40份茄子高代自交系进行简化基因组测序,利用获得的SNP (Single nucleotide polymorphism)标记进行遗传结构分析。本研究共获得700 639个SLAF标签和1 248 593 SNPs。结果表明,SNP数量在每条染色体上和同一条染色上的不同位置差异较大,注释结果表明SNP和InDel主要发生在基因间隔区。利用获得的SNPs多样性可以将40份材料分为3个类群。SNP分类结果与根据青枯病抗性分类结果基本一致,而与根据果形果色分类结果不一致,通过筛选,获得了高质量的122个perfect SNPs。本研究结果为杂组合的选配提供了参考,同时所开发的SNP位点为KSAP高通量基因分型奠定了良好的基础。