限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法的特点与计算程序
Characterization and Analytical Programs of the Restricted Two-stage Multilocus Genome-wide Association Analysis作者机构：南京农业大学大豆研究所 农业部大豆生物学与遗传育种重点实验室 国家大豆改良中心 作物遗传与种质创新国家重点实验室 江苏 南京 210095
出 版 物：《作物学报》
年 卷 期：2018年第44卷第9期
页 面：1274-1289页
基 金：国家自然科学基金项目 国家重点研发计划项目 国家教育部高等学校学科创新引智计划项目 国家教育部长江学者与创新团队发展计划 国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目 江苏省优势学科建设工程专项 中央高校基本科研业务费和江苏省JCIC-MCP项目资助
主 题：限制性两阶段多位点全基因组关联分析 连锁不平衡区段 多位点模型 QTL-allele矩阵 种质资源群体 优化组合设计
摘 要：全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)的理论及应用是近十几年来国内外数量性状研究的热点,但是以往GWAS方法注重于个别主要QTL/基因的检测与发掘。为了相对全面地解析全基因组QTL及其等位基因构成,本研究提出了限制性两阶段多位点GWAS方法(RTM-GWAS, https://***/njau-sri/rtm-gwas)。 RTM-GWAS首先将多个相邻且紧密连锁的SNP分组,成为具有多个单倍型(复等位变异)的连锁不平衡区段(SNPLDB)标记,然后采用两阶段分析策略,基于多位点复等位变异遗传模型,在节省计算空间的条件下保障全基因组QTL及其复等位变异检出的精确度。和以往GWAS方法相比, RTM-GWAS以性状遗传率为上限,能够较充分地检测出QTL及其相应的复等位变异并能有效地控制假阳性的膨胀。由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了群体中所研究性状的全部遗传组成。依据这种QTL-allele矩阵的信息,可以设计最优基因型的遗传组成,预测群体中最优化的杂交组合,并用以进行群体遗传和特有与新生等位变异的研究。本研究首先对RTM-GWAS方法的特点和计算程序功能进行说明,然后通过大豆试验数据说明RTM-GWAS计算程序的使用方法。