生物信息学方法预测新型冠状病毒Omicron变异株抗原表位

作     者：孙琦 何为 马玥 李渊源 黄转青 杨森 杨飞 张莹 徐风华 SUN Qi;HE Wei;MA Yue;LI Yuan-yuan;HUANG Zhuan-qing;YANG Sen;YANG Fei;ZHANG Ying;XU Feng-hua

作者机构：解放军总医院医疗保障中心药剂科药学基础研究室北京100853 解放军医学院北京100853 联勤保障部队药品仪器监督检验总站北京100071 武警北京总队医院北京100600 

出 版 物：《军事医学》 (Military Medical Sciences)

年 卷 期：2022年第46卷第12期

页      面：896-900,917页

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 08[工学] 100103[医学-病原生物学] 0836[工学-生物工程] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金面上项目(82171814) 

主　　题：严重急性呼吸综合征冠状病毒2 Omicron变异株 抗原表位 生物信息学 

摘      要：目的 通过生物信息学方法预测新型冠状病毒Omicron变异株的抗原表位,为病毒抗原表位多肽疫苗的设计开发提供依据。方法 以新冠病毒Omicron变异株(GenBank:OM095411.1)为研究对象,利用生物信息学服务器和免疫学工具预测新冠病毒S、M、N、E蛋白的杀伤性T细胞表位、辅助性T细胞表位和线性B细胞表位。同时,基于免疫表位数据库(IEDB)、抗原性预测(Vaxigen)、致敏性预测(AllerTOP)等表位生物学性质分析数据库对候选表位进行生物学性质分析。结果 筛选得到具有抗原性、无毒性或致敏性的杀伤性T细胞表位38个、辅助性T细胞表位15个和线性B细胞表位6个,主要位于S蛋白和M蛋白。结论 抗原表位的预测筛选方法可行,研究筛选出的候选表位,可为开发针对新冠病毒Omicron变异株多肽疫苗提供借鉴。