凡纳滨对虾性腺差异表达miRNA分析鉴定及靶基因验证

作     者：许尤厚 李鑫 彭金霞 李蔚 张兴志 官俊良 何庆松 陈泳先 张立 张彬 韦嫔媛 何苹萍 XU You-hou;LI Xin;PENG Jin-xia;LI Wei;ZHANG Xing-zhi;GUAN Jun-liang;HE Qing-song;CHEN Yong-xian;ZHANG Li;ZHANG Bin;WEI Pin-yuan;HE Ping-ping

作者机构：北部湾大学海洋学院广西钦州535011 广西水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室广西南宁530021 

出 版 物：《广东海洋大学学报》 (Journal of Guangdong Ocean University)

年 卷 期：2022年第42卷第6期

页      面：47-55页

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：广西自然科学基金青年基金项目(2019GXNSFBA185022) 国家现代农业产业技术体系建设专项资助资金(CARS-48) 

主　　题：凡纳滨对虾 性腺 miRNA 靶基因 RT-qPCR 

摘      要：【目的】鉴定筛选出与凡纳滨对虾(itopenaeus vannmei)性腺发育相关的miRNA及靶基因,为揭示其性腺分化的分子调控机制提供基础。【方法】通过高通量测序平台对凡纳滨对虾性腺进行miRNA测序分析。利用DESeq 2筛选出差异表达miRNA,并使用MiRanda对其进行靶基因预测,对靶基因进行GO功能注释和KEGG富集分析;运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证4个显著差异表达miRNAs及6个候选靶基因的表达模式。【结果】分别从精巢和卵巢小RNA文库获得18~30 nt的高质量序列27665604和28431611条,其中精巢中鉴定出117个已知的成熟miRNAs和214个未知miRNAs;卵巢中鉴定出106个已知的成熟miRNAs和159个未知miRNAs。分析获得153个精巢和卵巢显著差异表达的miRNAs,共预测得到57412个差异表达miRNAs的靶基因。KEGG分析表明,这些靶基因显著富集的前20条KEGG通路包括白细胞介素-17信号通路、磷脂酶D信号通路、ECM-受体相互作用和Hedgehog信号通路等。RT-qPCR结果显示,miR-92b-3p_3、miR-263a-5p_1、novel_mir23及novel_mir67等miRNAs及其靶基因的表达模式与高通量测序结果基本一致,表明测序数据准确可靠。FoxL2、Dsx、NR1D1以及Octβ2R为精巢上调基因,在精巢中高表达;Vitellogenin为卵巢上调基因,在卵巢中特异性表达;而Huntingtin在精巢和卵巢中均高表达。【结论】miR-92b-3p_3和miR-263a-5p_1等4个差异表达miRNAs以及FoxL2、Dsx、NR1D1和Vitellogenin等6个靶基因与凡纳滨对虾性腺发育密切相关,共同调节性腺的成熟过程。