H1N1流感病毒感染原代人视网膜色素上皮细胞的转录组学研究

作     者：冉红利 田金珉 韩阳 陈章馥 赵迎泽 蓝雨 刘军 周翔天 高福 Ran Hongli;Tian Jinmin;Han Yang;Chen Zhangfu;Zhao Yingze;Lan Yu;William J.Liu;Zhou Xiangtian;George F.Gao

作者机构：温州医科大学附属眼视光医院温州325027 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052 山东大学公共卫生学院济南250012 

出 版 物：《中华实验和临床病毒学杂志》 (Chinese Journal of Experimental and Clinical Virology)

年 卷 期：2022年第36卷第5期

页      面：535-540页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划(2021YFC0863400) 

主　　题：H1N1流感病毒 视网膜色素上皮细胞 转录组 差异表达基因 

摘      要：目的利用高通量转录组测序技术研究H1N1流感病毒感染原代人视网膜色素上皮(retinal pigment epithelial,RPE)细胞后的差异表达基因(differential expressed genes,DEGs)及其参与的相关调控信号通路。方法H1N1流感病毒分别感染原代人RPE细胞2 h或12 h,以H1N1未感染为对照组,提取总RNA,构建文库,进行转录组测序。利用DESeq2软件筛选DEGs,DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释与京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。结果与对照组相比,H1N1流感病毒感染2 h组共鉴定出1830个DEGs,感染12 h组共鉴定出2847个DEGs;H1N1流感病毒感染动力学过程中(2 h:12 h),共鉴定出1213个DEGs。对H1N1流感病毒感染12 h组的DEGs进行GO功能注释分析,结果表明DEGs广泛存在多种细胞组分中,并参与细胞过程、生物调节、代谢过程等多种生物学过程。KEGG通路富集分析表明,在H1N1流感病毒感染2 h组中,DEGs主要富集在PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、癌症MicroRNAs、细胞因子-细胞因子受体相互作用;在H1N1流感病毒感染12 h组中,DEGs主要富集在PI3K-Akt信号通路、癌症MicroRNAs、AGE-RAGE信号通路以及免疫炎症通路;在H1N1流感病毒感染动力学过程中(2 h:12 h),DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、TGF-β信号通路。结论H1N1流感病毒感染导致RPE细胞的转录组发生显著改变,这些数据为阐明流感病毒等呼吸道病毒感染眼部的分子机制提供了科学参考。