利用高密度Bin遗传图谱定位水稻抽穗期QTL

作     者：赵凌 梁文化 赵春芳 魏晓东 周丽慧 姚姝 王才林 张亚东 ZHAO Ling;LIANG Wen-Hua;ZHAO Chun-Fang;WEI Xiao-Dong;ZHOU Li-Hui;YAO Shu;WANG Cai-Lin;ZHANG Ya-Dong

作者机构：江苏省农业科学院粮食作物研究所/国家水稻改良中心南京分中心/国家耐盐碱水稻技术创新中心华东中心/江苏省优质水稻工程技术研究中心江苏南京210014 

出 版 物：《作物学报》 (Acta Agronomica Sinica)

年 卷 期：2023年第49卷第1期

页      面：119-128页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：江苏省重点研发计划项目(BE2019375)资助 

主　　题：水稻 重组自交系 高密度Bin图谱 抽穗期 QTL 

摘      要：挖掘新的控制水稻抽穗期相关位点和候选基因,对抽穗期的遗传机制研究和品种改良具有重要的意义。利用抽穗期存在明显差异的粳稻TD70和籼稻Kasalath杂交衍生的包含186个家系的重组自交系群体,构建了基于深度重测序的高密度Bin遗传图谱,图谱共包含12,328个Bin标记。RIL群体及亲本2018年和2021年正季种植于江苏省南京市江苏省农业科学院。以家系从播种到抽穗所经历的天数作为抽穗期表型值,使用IciMapping软件3.4版的完备区间作图法,对控制水稻抽穗期的QTL进行鉴定。2年共检测到15个抽穗期的QTL,分布在3号、6号、7号、8号、10号和12号染色体上,LOD值为2.58~10.68,其中7个QTL和已知抽穗期QTL的位置存在重叠或者部分重叠。共有4个QTL在2年均检测到,表现出较强的稳定性。对2年重复鉴定到的4个QTL区间进行基因功能注释和亲本间序列分析,共发现7个注释有功能,且在2个亲本间编码区存在非同义突变的基因。根据候选基因SNP的类型对RIL群体家系进行基因等位型分类和效应分析,发现4个基因其不同等位型的RIL家系在抽穗期上存在显著或者极显著差异,推测可能为候选基因,可用于后续水稻抽穗期的分子机制研究。