用于苹果树病毒鉴定的small RNA深度测序数据集

作     者：胡国君 董雅凤 张尊平 范旭东 任芳 Hu Guojun;Dong Yafeng;Zhang Zunping;Fan Xudong;Ren Fang

作者机构：中国农业科学院果树研究所国家落叶果树脱毒中心兴城125100 

出 版 物：《农业大数据学报》 (Journal of Agricultural Big Data)

年 卷 期：2022年第4卷第2期

页      面：25-29页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家重点研发计划资助(2019YFD1001800) 中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP) 

主　　题：苹果 病毒 鉴定 small RNA测序 生物信息学 

摘      要：病毒病是为害苹果的重要致病因子,开展病毒种类鉴定是防控苹果病毒病的首要任务。由于苹果长期通过嫁接的方式进行繁育,导致树体感染多种病毒,加之苹果病毒的浓度较低,序列变异较大,致使苹果病毒种类的鉴定尤为困难。此外,现有的分子检测技术主要为聚合酶链式反应和分子杂交技术,这些技术基于已知病毒核苷酸序列为基础开展鉴定,而对于未知病毒,由于其核苷酸序列尚未测定,则无法采用这些分子技术进行鉴定。针对这一瓶颈,该文提供了一个自然生长的苹果树的small RNA (sRNA)深度测序的数据集,通过结合生物信息学方法对原始数据进行过滤、sRNA组装及Blast比对,可准确地分析和判断自然条件下病毒的种类,为苹果病毒的鉴定带来了新的突破,同时也为苹果无毒苗木的判定提供技术支撑。