成年商品猪肠道可培养核心菌群的结构与组成分析

作     者：田野 蔡淳理 杨大容 李慧 刘宝生 TIAN Ye;CAI Chunli;YANG Darong;LI Hui;LIU Baosheng

作者机构：江西农业大学动物科学技术学院江西南昌330045 四川农业大学动物医学院四川成都611130 江西农业大学兽药研究所江西南昌330045 

出 版 物：《家畜生态学报》 (Journal of Domestic Animal Ecology)

年 卷 期：2022年第43卷第10期

页      面：36-44页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31360553) 江西省自然科学基金重点项目(20202ACBL205009) 江西省教育厅科技项目(GJJ170256) 

主　　题：肠道菌群 成年猪 多样性分析 可培养菌 菌群结构 聚类分析 

摘      要：为探明成年商品猪肠道可培养核心菌群的结构与分布,该研究从3头健康成年商品猪的6个肠段17个肠节段中通过普通培养的方法,共分离筛选出355株可培养核心菌,并进行16S rDNA全序列扩增、测序,通过Mothur软件的OTU聚类及NCBI的在线比对进行分析。结果显示,成年猪肠道中的可培养核心菌群绝大部分属于Proteobacteria和Firmicutes两菌门,其中Escherichia、Bacillus、Proteus 3个菌属丰度最高,占全部检出率的80%;Escherichia coli、Bacillus amyloliquefaciens、Shigella、Bacillus和Proteus mirabilis 5个菌种是广泛分布于商品猪肠道各肠段的共有菌种。菌群的OTU聚类分析结果与NCBI在线比对结果存在明显差别,说明当前单纯的OTU聚类分析并不能完全取代菌群基因数据库的直接比对。