毛茛科和芍药科叶绿体基因组密码子特征和系统发育比较

作     者：穆赢通 樊东昌 吕丽娟 李晓杰 路景诗 张晓明 MU Yingtong;FAN Dongchang;LÜ Lijuan;LI Xiajie;LU Jingshi;ZHANG Xiaoming

作者机构：内蒙古农业大学草原与资源环境学院呼和浩特010019 

出 版 物：《植物研究》 (Bulletin of Botanical Research)

年 卷 期：2022年第42卷第6期

页      面：964-975页

核心收录：

学科分类：090706[农学-园林植物与观赏园艺] 0907[农学-林学] 09[农学] 

基　　金：内蒙古自然科学基金(2019MS03052)。 

主　　题：毛茛科 芍药科 叶绿体基因组 密码子 系统进化 

摘      要：为研究和比较毛茛科和芍药科叶绿体基因组密码子使用模式和系统进化关系,以完成测序的毛茛科33种植物、芍药科7种植物叶绿体基因组为材料,采用分析软件CodonW在线软件CUSP和R软件对叶绿体基因进行密码子特征分析。用MAFFT软件,MEGA软件进行系统发育分析。研究结果表明芍药科植物叶绿体基因组和毛茛科植物(耧斗菜属除外)叶绿体基因组高频密码子一致性高,具有29个高频密码子,基本偏向与于A/U结尾,但最优密码子存在差异。毛茛科和芍药科叶绿体基因组密码子偏好性的形成因素主要受自然选择的影响,且芍药科叶绿体基因组密码子偏好性受自然选择的影响大于毛茛科。基于叶绿体基因组全序列和基于叶绿体基因组CDS序列的系统进化关系表明,芍药科基于叶绿体基因组全序列和基于叶绿体基因组CDS序列的系统进化关系虽然部分不同,但都可以被划分为芍药组和牡丹组。毛茛科基于叶绿体基因组的系统进化关系不符合中国植物志分类关系,但支持把毛茛科划分为4亚科14族。系统进化分析结果也支持芍药科独立于毛茛科和毛茛目,被划分到虎耳草目,同时证明了叶绿体基因组作为超级DNA条形码的可行性。