紫九牛叶绿体基因组密码子偏好性分析

作     者：郭松 梁湘兰 黄青青 卢祥 严其伟 张鹏 覃逸明 GUO Song;LIANG Xianglan;HUANG Qingqing;LU Xiang;YAN Qiwei;ZHANG Peng;QIN Yiming

作者机构：广西科技师范学院食品与生化工程学院广西来宾546199 广西科技师范学院特色瑶药资源研究与开发重点实验室广西来宾546199 

出 版 物：《广西植物》 (Guihaia)

年 卷 期：2022年第42卷第8期

页      面：1426-1432页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：广西科技师范学院高层次人才启动经费(GXKS2020GKY009) 广西科技师范学院特色瑶药资源研究与开发校级重点实验室经费(KJ5CSH000005)。 

主　　题：紫九牛 叶绿体基因组 密码子 偏好性分析 最优密码子 

摘      要：为确定瑶药紫九牛叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,该研究以紫九牛叶绿体基因组50条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP和Chips分析其密码子偏好性。结果表明:(1)RSCU1的密码子有29个,其中有28个以A/U结尾,说明叶绿体基因组的同义密码子中偏好以A/U结尾。(2)紫九牛叶绿体基因组密码子的GC含量GC_(1)(47.38%)GC_(2)(39.81%)GC_(3)(29.60%),ENC值大于45的有40个,说明紫九牛叶绿体基因组存在较弱的偏性。(3)中性绘图分析和ENC-plot分析说明了紫九牛叶绿体基因组密码子的偏好性既受到选择的作用,又受到突变因素的影响。(4)通过构建的高低基因表达库最终确定了15个最优密码子,分别为UUG、AUU、GUU、GUA、UCU、CCU、ACU、ACA、GCU、CAA、AAC、GAA、UGU、CGU和GGU。该研究为紫九牛叶绿体基因组的确定以及遗传多样性分析提供了依据。