基于混合策略的de novo序列拼接算法构造

作     者：肖存威 石海鹤 王岚 程柏良 XIAO Cunwei;SHI Haihe;WANG Lan;CHENG Bailiang

作者机构：江西师范大学计算机信息工程学院江西南昌330022 

出 版 物：《江西师范大学学报（自然科学版）》 (Journal of Jiangxi Normal University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2022年第46卷第3期

页      面：300-307页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071008[理学-发育生物学] 08[工学] 0835[工学-软件工程] 081202[工学-计算机软件与理论] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家自然科学基金(62062039,61662035) 江西省自然科学基金(20202BAB202024,20212BAB202017)资助项目 

主　　题：de novo序列拼接 混合策略 领域特征建模 产生式编程 形式化方法 

摘      要：在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略的算法(OLC_assembly_1,OLC_assembly_2)及1个基于DBG策略的算法(DBG_assembly),进一步组装出在(OLC+DBG)→OLC混合模式下的算法(简称ODO算法);最后,从GenBank中选取了3个实验样本,从N50、Contigs number、Coverage等角度,比较了在3个单一策略下的算法和ODO构造算法的拼接结果,分析了coverage depth和k值的变化对拼接结果的影响.实验结果表明:该文实现的ODO算法比单一策略在序列拼接时所产生的结果在N50和Coverage等参数上均有一定的优势.