基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析

作     者：孙禄娟 何建军 汪军成 姚立蓉 司二静 杨轲 李葆春 马小乐 尚勋武 孟亚雄 王化俊 SUN Lu-juan;HE Jian-jun;WANG Jun-cheng;YAO Li-rong;SI Er-jing;YANG Ke;LI Bao-chun;MA Xiao-le;SHANG Xun-wu;MENG Ya-xiong;WANG Hua-jun

作者机构：甘肃农业大学省部共建干旱生境作物学国家重点实验室甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室甘肃兰州730070 甘肃农业大学农学院甘肃兰州730070 甘肃农业大学生命科学技术学院甘肃兰州730070 

出 版 物：《草业学报》 (Acta Prataculturae Sinica)

年 卷 期：2022年第31卷第8期

页      面：199-210页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0818[工学-地质资源与地质工程] 09[农学] 0903[农学-农业资源与环境] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0902[农学-园艺学] 0833[工学-城乡规划学] 090102[农学-作物遗传育种] 0713[理学-生态学] 0834[工学-风景园林学（可授工学、农学学位）] 

基　　金：国家自然科学基金(32001514 31960072) 财政部和农业农村部国家大麦青稞产业体系(CARS-05-04B-2) 甘肃省教育厅产业支撑计划项目(2021CYZC-12) 甘肃省自然科学基金重点项目(20JR10RA507) 甘肃省干旱生境作物学国家重点实验室开放基金(GSCS-2019-01,07) 甘肃省高等学校创新能力提升项目(2019A-053) 国家973前期研究专项(2014CB160313) 甘肃农业大学博士启动经费(GAU-KYQD-2018-02,22)资助 

主　　题：全长转录组 SSR重复类型 多态性筛选 聚类分析 

摘      要：以盐生草全长转录组数据为基础,用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索,共鉴定到29640个SSR位点,每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型,重复次数主要为4~20次,其中,三核苷酸重复单位最多,占38.25%;四核苷酸重复单位类型最少,仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中,A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地,对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选,共筛选到多态性较高的33对标记,这些标记共检测得到199个等位基因位点,等位基因数(AN)为3~13个,平均为6.03个;基因多样性指数(GD)为0.583~0.869,平均为0.698;基因型数量(GN)为2~13,平均值为5.88;多态性信息含量(PIC)值为0.527~0.856,平均值为0.623。聚类分析结果表明,18个不同生态点盐生草的遗传相似系数(GS)为0.528~0.859,平均值为0.683。在GS为0.68处,可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。