利用16SrRNA基因测序探究杜洛克猪眼肌厚与粪便微生物的关系

作     者：程锋 司景磊 梁靓 陈奎蓉 田威龙 莫家远 吕冬玲 刘笑笑 李月月 兰干球 梁晶 Cheng Feng;Si Jinglei;Liang Liang;Chen Kuirong;Tian Weilong;Mo Jiayuan;LüDongling;Liu Xiaoxiao;Li Yueyue;Lan Ganqiu;Liang Jing

作者机构：广西大学动物科学技术学院南宁530004 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2022年第41卷第1期

页      面：1-11页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家现代农业产业技术体系(nycytcgccxtd-15-01) 广西创新驱动发展专项(桂科AA17204029,桂科AA18118051)共同资助。 

主　　题：16S rRNA基因测序 肠道微生物 眼肌厚 杜洛克猪 

摘      要：为了探究猪眼肌厚(loin muscle thickness,LMT)与宿主粪便微生物之间的关系,本研究测定了91头杜洛克猪的校正100 kg眼肌厚。根据LMT排序并选择其中最极端的20头个体,包括最高眼肌厚(highest-loin muscle thickness,H_LMT)10头和最低眼肌厚(lowest-loin muscle thickness,L_LMT)10头,应用16S rRNA基因高通量测序技术,分析高低组个体粪便中微生物的物种组成、多样性及预测功能的差异。结果表明:杜洛克猪粪便微生物中存在2个优势菌门分别为Firmicutes、Bacteroidetes;存在4个优势菌属分别为Prevotella、Lactobacillus、norank_f_Ruminococcaceae和norank_f_Lachnospiraceae。两组间粪便微生物组成的α多样性差异不显著,门和属水平的微生物主坐标分析(principal coordinate analysis,PCoA)也未能依据眼肌厚差异有明显区分,但两组间在微生物组成上存在显著差异的菌属。属水平上,H_LMT组个体粪便中norank_f_Enterobacteriaceae、Enterococcus和Coprobacillus的相对丰度较高,而norank_f_S24_7、norank_o_Bacteroidales、norank_f_Mogibacteriaceae、YRC22、norank_f_Peptostreptococcaceae、norank_f_Leuconostocaceae、02d06和Corynebacterium相对丰度显著低于L_LMT组个体。通过KEGG和COG功能预测分析,发现H_LMT和L_LMT组粪便微生物在碳水化合物运输和代谢、氨基酸转运和代谢、转录、核糖体结构和生物发生等功能上高度富集。本研究为探究猪粪便微生物的组成与眼肌厚性状间的关联提供一定的基础,也为进一步深入研究肠道菌群与动物生长性能的关联提供理论依据。