基于生物信息学方法的沙眼衣原体主要外膜蛋白免疫优势表位预测及分析

作     者：李明洋 徐远久 鲁小龙 张雷 苏惠婷 朱珊丽 张友秀 LI Mingyang;XU Yuanjiu;LU Xiaolong;ZHANG Lei;SU Huiting;ZHU Shanli;ZHANG Youxiu

作者机构：四川大学华西广安医院检验科四川广安638000 温州医科大学分子病毒与免疫研究所微生物学与免疫学教研室 四川大学华西广安医院外围手术室 

出 版 物：《山东医药》 (Shandong Medical Journal)

年 卷 期：2022年第62卷第20期

页      面：24-29页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31700160) 温州市科技局资助项目(Y20170011) 

主　　题：沙眼衣原体 主要外膜蛋白 抗原表位 生物信息学 

摘      要：目的预测和分析沙眼衣原体主要外膜蛋白(MOMP)的免疫优势表位。方法以UniProt蛋白质数据库中检索CtMOMP的氨基酸序列为基础,针对MOMP的理化性质、二级结构、亲水性参数、表面可及性参数、极性参数、抗原性和柔韧性参数,预测其B细胞表位;用SYFPEITHI、IEDB及NetCTI 1.2 server预测MOMP的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位;用RANKPEP及SYFPEITHI预测MOMP的辅助T细胞(Th)表位,筛选分值共同较高的多肽片段作为候选表位。应用GalaxyWEB对MOMP进行三维结构建模分析。结果MOMP由393个氨基酸残基组成,以无规则卷曲及α螺旋为主;推测MOMP的B细胞表位位于N端42~52 aa、161~179 aa、259~265 aa和349~358 aa区段;其CTL表位主要集中于近C端,且以HLA-A*02:01、HLA-A*03限制性表位为主;Th表位各表型候选表位肽数目均较多。结论沙眼衣原体MOMP含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,其免疫优势表位主要位于N端42~65 aa、155~185 aa区段和C端342~359 aa区段。