毛竹小RNA高通量测序及病毒分析

作     者：范春节 王晖 卢孟柱 FAN Chun-jie;WANG Hui;LU Meng-zhu

作者机构：中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室北京100091 中国林业科学研究院热带林业研究所广东广州510520 NERC/Centre for Ecology and Hydrology(CEH)OxfordMansfield RoadOxford OX1 3SRUK 

出 版 物：《林业科学研究》 (Forest Research)

年 卷 期：2014年第27卷第3期

页      面：335-340页

核心收录：

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金海外及港澳台基金“利用小RNA组研究竹子中的抗病毒免疫及其与竹子开花的关系”(201131028004) 

主　　题：毛竹 高通量测序 小RNA RTBV病毒 

摘      要：以毛竹叶片为材料,采用小RNA高通量测序结合生物信息学对小RNA数据库进行组装,进一步分析了毛竹中存在的病毒和类病毒,并采用RT-PCR和RACE进行验证。结果表明:在竹子样品中存在水稻东格鲁病毒(RTBV),覆盖率达到91.0%。在毛竹样品中扩增得到1 992 bp RTBV病毒类似序列,占其基因组的24.9%。RTBV病毒在多个毛竹样品中存在且不存在多态性。RTBV病毒可能是一个古老的植物病毒,在进化过程中禾本科植物将其序列整合到基因组中来防御RTBV病毒的浸染。