生物信息学分析类风湿关节炎的关键生物标志物和免疫浸润

作     者：高扬 田龙龙 毕春花 

作者机构：青岛大学附属医院感染科山东 青岛 大连医科大学研究生院辽宁 大连 

出 版 物：《临床医学进展》 (Advances in Clinical Medicine)

年 卷 期：2022年第12卷第7期

页      面：6045-6060页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100201[医学-内科学(含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病)] 10[医学] 

主　　题：类风湿关节炎 生物信息分析 免疫细胞浸润 临床模型 

摘      要：目的:挖掘类风湿关节炎的潜在基因标志物,探究类风湿关节炎的免疫浸润情况,为进一步阐明类风湿关节炎的发生发展提供方向,并指导临床治疗。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE55235基因集,获得RA和健康样本之间的差异表达基因(DEGs)。用R软件进行DEGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。我们还进行基因集富集分析(GSEA)以进一步了解基因的功能,并利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建基因共表达网络,并确定最重要的模块。并运用Cytoscape软件构建蛋白互作网络,筛选出位于Top 5的关键基因。建立临床预测模型对得到的关键基因进行验证。最后,使用R软件的“e1071,“CIBERSORT和“parallel包来分析疾病的免疫细胞浸润模式。结果:总共筛选了5个在RA的发生发展中最具重要意义差异基因(IGLJ3、IGHM、IGKC、IGLV1-44、GUSBP11)。生物功能分析确定了RA中的关键相关通路、基因模块和共表达网络。免疫浸润分析发现,CD8阳性T淋巴细胞和浆细胞浸润增加,CD4阳性的静息记忆T淋巴细胞和活性肥大细胞浸润减少可能与RA的发生有关。结论:IGLJ3、IGHM、IGKC、IGLV1-44、GUSBP11基因在RA的发生发展中具有重要作用,这将有助于确定RA的新型诊断标志物和治疗靶点,也为后续的发病机制研究提供可靠的依据和全新的视角。