基于TCGA数据库筛选肺腺癌顺铂耐药的分子标志物及功能验证

作     者：王霖 黄紫弦 尤程程 谭顺梓 黄利鸣 黄益玲 WANG Lin;HUANG Zixian;YOU Chengcheng;TAN Shunzi;HUANG Liming;HUANG Yiling

作者机构：肿瘤微环境与免疫治疗湖北省重点实验室宜昌443002 三峡大学医学院病理学系宜昌443002 恩施市中心医院妇科恩施445000 

出 版 物：《肿瘤防治研究》 (Cancer Research on Prevention and Treatment)

年 卷 期：2022年第49卷第6期

页      面：569-574页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金面上项目(81374024) 宜昌市医疗卫生科研项目(A21-2-048,A22-2-070) 肿瘤微环境与免疫治疗湖北省重点实验室(三峡大学)开放基金(2021KZL03) 

主　　题：肺腺癌 生物信息学 差异表达基因 顺铂耐药 

摘      要：目的探究在肺腺癌顺铂耐药过程中起关键调控作用的相关基因。方法利用生物信息学方法在TCGA数据库和GDSC数据库下载肺腺癌患者顺铂敏感组与耐药组之间的差异表达基因,对差异基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,构建蛋白质互作网络,并进行层次聚类分析,筛选得到关键基因并利用实时荧光定量PCR和ELISA法在细胞水平进行验证。通过siRNA沉默A549/DDP细胞中CXCL10基因的表达并检测其对顺铂的敏感度。结果筛选得到178个差异表达基因,经过聚类分析最终获得肺腺癌顺铂耐药的关键基因CXCL9、CXCL10、NKX2-1以及SFTPA1。暂时选择CXCL10进行后续验证及功能实验。实时荧光定量PCR结果显示CXCL10在A549/DDP细胞中的mRNA表达量显著高于A549细胞(P0.001),A549/DDP细胞上清液中CXCL10蛋白的表达量高于A549细胞,均与生物信息学预测一致。MTT结果显示沉默CXCL10表达后,A549/DDP细胞对DDP的敏感度增加。结论CXCL10是调控肺腺癌顺铂耐药的关键基因,下调CXCL10表达可成为逆转肺腺癌顺铂耐药的潜在靶点。